1988年硕士研究生毕业后在上海财经大学任教，1994年6月破格晋升副教授。2000年6月晋升为教授。1996至1997年，在美国国际管理研究生院（雷鸟学院）访问进修。1998年至2000年任上海财经大学中美合作MBA培养项目负责人。2000年8月调入上海国家会计学院，2001年至2012年间历任上海国家会计学院院长助理、副院长，并兼任财政部APEC金融与发展项目执行秘书处副秘书长、亚太财经与发展中心常务副主任。2012年8月起任上海国家会计学院院长、亚太财经与发展学院主任。

李扣庆教授还兼任上海服务经济研究会副会长、上海市价格学会（协会）专家咨询委员会会员，2008年获国务院政府特殊津贴。